A primeira colônia europeia do Brasil foi
fundada, em 1503, em Porto Seguro, mas a região já abrigava europeus desde 1500.
Porto Seguro foi o palco das primeiras missas, foi o primeiro porto, primeiro
centro comercial com europeus, abrigou a
primeira igreja e o primeiro hospital. Esses pioneirismos ocorreram nos atuais
municípios de Porto Seguro e Santa Cruz de Cabrália.
O povoamento europeu dessa colônia pioneira começou com o Descobrimento do Brasil, em abril de 1500, quando dois degredados foram aqui deixados e uma grande cruz foi instalada. Essa Cruz primaz do Brasil foi elevada à condição de santa por D. Manuel, que deu o nome de Santa Cruz à toda a terra, até então conhecida por essas bandas, e que viria a ser chamada de Brasil.
Nessa época, a região era habitada pelos tupiniquins e provavelmente recebeu mais degradados portugueses pelas expedições que aqui passaram nos anos seguintes, pois a pena de degredo era comum, em Portugal, e Santa Cruz precisava de gente que aprendesse a cultura dos nativos. Teriam nascido, assim, os primeiros caboclos.
Depois de Cabral, teria chegado João da Nova, no início de 1501, que teria feito escala aqui, a caminho das Índias, conforme previsto no regimento entregue por D. Manuel. Naquele mesmo ano veio a primeira expedição de Gonçalo Coelho, com Américo Vespúcio, para exploração do litoral brasileiro.
Em 1502 começou a exploração de pau-brasil na Terra de Santa Cruz. Mapas do início do século 16 indicam o Rio de Brasil, logo ao sul de Porto Seguro, inclusive o Cantino, de 1502. Esse nome foi dado pela expedição de Gonçalo Coelho, de 1501, que achou a madeira vermelha em suas margens.
O Atlas Português de 1519 (fragmento acima, invertido) também mostra o "Rio do Brasyll" junto a Porto Seguro. Dele pode-se inferir que seria o Rio Buranhém.
Em 1503, com a exploração de pau-brasil em alta, a Terra de Santa Cruz foi arrendada e fundou-se a primeira aldeia europeia, em Porto Seguro.
Em novembro do mesmo ano de 1503, um segundo núcleo colonial teria sido fundado em um porto, mais ao sul, em latitude de 18°, na região histórica de Caravelas. Assim, as duas primeiras colônias europeias, no Brasil, foram fundadas no sul da Bahia, em 1503.
A Primitiva Colônia de Porto Seguro foi fundada pela segunda missão portuguesa de reconhecimento, comandada por Gonçalo Coelho. Essa foi também, a primeira missão colonizadora do Brasil. Segundo Jaboatão, os primeiros missionários católicos no Brasil foram dois frades franciscanos menores da Província de Portugal Observante. Seus nomes são desconhecidos. Foram enviados, em 1503, para Porto Seguro, para catequizar os índios. Eles fundaram a primeira igreja do Brasil, que foi dedicada a São Francisco de Assis, construída com a ajuda dos índios.
Jaboatão citou que, em Porto Seguro existia uma feira de escambo, para troca de mercadorias entre portugueses e índios. O Frei Jaboatão era franciscano e tinha cesso aos manuscritos da Ordem, no Brasil. Segundo ele, o povoado foi massacrado, em 19 de junho de 1505, pelos índios, que devoraram os dois frades.
Em 1506, a colônia foi pacificada e reconstruída.
Os franciscanos foram os primeiros missionários católicos no Brasil. Em 1515, chegaram mais dois, italianos, e reconstruíram a Igreja e uma habitação, com a ajuda dos índios. Um deles afogou-se no Rio do Frade (por isso, o nome) e foi enterrado na Igreja. O outro retornou à sua província.
Em 1526, a expedição de Cristóvão Jacques teria fundado a primeira Irmandade da Santa Casa da Misericórdia, em Porto Seguro, e construído a Igreja da Misericórdia. Essa Irmandade fundou o primeiro hospital do Brasil.
Em 1535, chegou Pero do Campo Tourinho e instalou a Capitania de Porto Seguro, onde fundou oito vilas. Tourinho não trouxe, em sua expedição, gente para fundar tantas vilas, o que indica já existirem outros povoados na região.
